西吉嶼位在東吉嶼西方約4.5公里，和東吉嶼同屬「南方四島國家公園」之一，西側及北側有著玄武岩海崖，柱狀節理分明，綿延數百公尺，十分壯觀，也被列為「南海玄武岩自然保留區」，居民已於1978年全數遷出，目前是一座無人島，要登島需先經過申請。

儘管房舍多已破敗，但聚落結構仍清晰可見，也能看見信仰中心西吉宮遺跡，和為了鎮煞避邪而建造的四座石塔。以及當年為抵擋東北季風，村落北側以玄武岩建造的菜宅，如今雖然廢村已久，遷居各處的西吉村民，每年端午、中秋等重大節慶，都會相約返村小住幾天，帶著下一代進行尋根之旅。

而西吉嶼最為人熟知的景點，是島嶼西北側的海蝕洞，由於形狀像灶口，在地人俗稱「灶籠」；洞內四周海水因陽光折射呈現藍寶石色澤，因此也被稱為「藍洞」。

島嶼的東側和南側則多為岩岸地形，東北方潮間帶，岩石受海水侵蝕產生凹洞，形成壺穴地形，或擴大成為「潮池」，和灶籠同樣是西吉嶼值得一看的地質景觀。