貓嶼位在望安西南16公里、花嶼南方8公里海域，隸屬望安鄉花嶼村，包含大、小貓嶼及周圍礁岩。大小兩島都是玄武岩構成，四周被陡峭懸崖圍繞，攀登不易。

大貓嶼是從地表冒出的巨型岩脈，地形高聳，最高海拔約70到79公尺，是澎湖群島中最高的地方。大貓嶼海蝕地形發達，周圍有許多海蝕洞，北端海崖有巨大海蝕拱門；東側在退潮時會露出海蝕平台，平台上有不少壺穴。小貓嶼則位於大貓嶼東方，地形更陡峭，退潮時兩島間有一條火山集塊岩組成的石脈相通。

在澎湖民間有這麼一句話：「鳥嶼無鳥，貓嶼無貓」，貓嶼是因外型像兩隻蹲著的貓而得名，而不是有很多貓，甚至是座無人島，不過有非常多候鳥在這裡棲息，夏季時燕鷗會選擇人煙罕至、地形險惡的貓嶼來繁殖，主要以白眉燕鷗、玄燕鷗為主，每年各約有3,000至5,000隻在貓嶼繁殖。在澎湖要看玄燕鷗主要以貓嶼為主，北海甚少，偶有零星的玄燕鷗出現。澎湖縣政府因此在1991年將大、小貓嶼公告為「貓嶼海鳥保護區」，保護區範圍包含陸地以及延伸100公尺的海域，沒有特殊需求不可任意登島，您可選擇搭船在周邊欣賞燕鷗飛舞的美麗景象。