澎湖群島由近百個大小島嶼和岩礁組成，除花嶼的岩質不同外，其餘均由數層玄武岩和部分夾層的沈積岩所組成。澎湖面積總計雖僅127平方公里，但擁有獨特的 玄武岩自然景觀是台灣本島無法媲美的！ 據地質學者指出，澎湖的玄武岩經數次不連續的火山活動後，熔岩從裂隙湧出地面後急速冷卻而成。目前已知最古老的玄武岩為望安玄武岩，其火山熔岩約在 1740萬年前流出，其後約每間隔一、兩百萬年有一次火山活動，至約820萬年前後東嶼坪等年代相當的島嶼發育完成後，火山活動隨之靜止。

澎湖玄武岩熔岩流冷卻後，受熔岩流均質性、溫度差異與黏稠度等主客觀因素影響，即形成規則性高的柱狀節理或熔岩流營力影響呈現彎曲傾斜的多樣性地形，這些柱狀玄武岩長年受風化和侵蝕的洗禮後，呈現各種不同樣貌突顯澎湖玄武岩的稀有性。著名的台大地理系王鑫教授認為：「澎湖玄武岩保留區的景觀和世界級的北愛 爾蘭巨石堤玄武岩地形相比毫不遜色」。玄武岩是火山岩的一種，在湧出地表時因快速冷卻，而收縮龜裂成五、六角形柱狀體，此現象稱為「節理」。節理構造的多樣性變化，可說是澎湖玄武岩最特殊的自然景觀。

質地緻密的玄武岩常呈灰色，如岩體內礦物成份不同，則有深淺不同的變化。如果熔岩冷卻時氣體來不及散失即形成氣孔，就是所謂的多孔狀玄武岩，澎湖文石便是發育在這種玄武岩之中，政府於民國81年將白沙鄉的小白沙嶼、湖西鄉的雞善嶼、錠鉤嶼公告為「澎湖玄武岩自然保留區」實施管制，在保留區範圍內，未經申請核准不得登島。