澎湖位於台灣海峽中，附近海域有中國沿岸流、黑潮支流、南中國海季風流。這三條海流匯集在澎湖海域，讓澎湖海洋生態資源顯得豐富而且多樣化。
澎湖海底地形，內灣與外圍海域深度有明顯差距，內灣水深多在15公尺以內，最深可達25公尺，沿岸延伸出去的外圍海域較深。所以沿岸坡度平緩，潮間帶相當廣闊。
澎湖海域的海龜有綠蠵龜、赤蠵龜、玳瑁，另有少見的革龜、欖蠵龜等。由於澎湖望安是目前台灣地區，綠蠵龜上岸產卵最穩定的地區，所以在望安公告有六處綠蠵龜產卵棲息保護區保護綠蠵龜的產卵棲地，澎湖國家風景區管理處在望安島上建置「綠蠵龜觀光保育中心」 ，提供海洋生態資源諮詢服務。
珊瑚礁
裂片石蓴
魚類資源部份，澎湖的魚種經過水產試驗所澎湖分所統計，有記錄的魚種已達138科723種，依魚類分佈習性及資源的特性可區分為礁岩魚類、底棲性魚類、洄游性魚類等，其中玳瑁石斑已被選定為澎湖縣魚。
至於珊瑚淺坪中的珊瑚族群，因生長環境佳，覆蓋海床面積相當大，是海洋底層食物鏈，所以珊瑚淺坪生態系最豐富。澎湖海域的珊瑚，包括石珊瑚類之軸孔珊瑚、盤珊瑚、角星珊瑚及鹿角珊瑚等，柳珊瑚類之海扇、海樹等及軟珊瑚類等各種珊瑚，造型各自不同，十分可觀。另外海藻資源相當豐富，常見有綠藻、褐藻、紅藻等藻類，澎湖海域約有四十餘種，具有經濟價值的有紫菜、海菜、石花菜和髮菜。
在潮間帶礁岩上常見到如蜑螺、笠螺、鐘螺、蠑螺、玉黍螺、寶螺、石鱉、黑齒牡蠣等貝類；螃蟹、龍蝦、寄居蟹、瓷蟹等節肢動物；還有讓遊客驚聲尖叫的海參、海星和陽燧足等棘皮動物。另外澎湖擁有數量最多的「石滬」 ，這種早期用來作為捕魚陷阱設施，是澎湖潮間帶休閒漁業體驗活動的項目之一。
澎湖廣大和多樣的潮間帶生態系統，向來生養澎湖居民的生計，未來則是體驗海洋生態的舞台。
