澎湖雖然面積僅約127平方公里，但島嶼羅列、四面環海，因此海洋動物資源豐富。除了經濟性海洋魚介貝類外，同時也有不少列為保育類的動物生態資源，例如海豚、綠蠵龜、燕鷗類鳥類等，都讓澎湖動物資源顯得珍貴。
澎湖群島由近百個大小不同的島嶼和岩礁所組成，座落在台灣海峽中。地理位置位於東亞航運要衝，也是東亞地區的候鳥遷移必經的地點，所以每一年候鳥遷移時節，各種不同的候鳥就會大批飛到澎湖各島嶼棲息繁殖或短暫停留。
澎湖地區鳥類的移徙，在每年春季1到4月最頻繁，候鳥的種類和數量是全年最高峰，5月份開始，候鳥數量與種類漸漸減少。雖然夏季6、7月間，候鳥種類最少，不過到澎湖棲息繁殖的東候鳥燕鷗卻成為澎湖鳥類生態的特色，同時也是賞鳥活動最佳的模特兒。9月至12月的秋冬兩季則是候鳥向南遷徙準備度冬的時節，因此，仍有不少種類和數量甚多的紅尾伯勞、藍磯鶇、大白鷺、小水鴨、磯鷸等過境鳥和冬候鳥出現。
92年澎湖的鳥類調查數據已達到14目40科317種。這些鳥類除澎湖本島各地常見的鷸科、行鳥科、鷺科、雁鴨科等水鳥外，夏季的燕鷗仍是愛鳥人士的最愛。澎湖夏季最常見的燕鷗計有，玄燕鷗、蒼燕鷗、紅燕鷗、白眉燕鷗、小燕鷗和鳳頭燕鷗等六種。
此外，澎湖的麻雀和小雲雀這兩種留鳥，是澎湖最普遍且數量最多的鳥類，鳥種與臺灣所產略有不同，分屬於不同的亞種。其中，俗稱「半天鳥」的澎湖小雲雀更被推薦為澎湖的縣鳥。
澎湖地區鳥類的棲息環境包括，各島岸邊和潮間帶、縣內各水庫區，至於留鳥和一般陸棲候鳥，則本島各地零散的防風林、農墾地或水庫的週邊地帶都可見到。離島方面，南海各島中，以大、小貓嶼和附近無人島為主，絕大多數燕鷗鳥類在這個地方繁殖；北海各島則因為人為開發與干擾，近年燕鷗鳥類逐漸轉徙到東北海的大、小雞善嶼、錠鉤嶼、小白沙嶼、澎澎灘、鳥嶼等島上繁殖。
