澎湖地區雖然一年平均降雨量約1,000毫米，土地表土淺薄，涵水不容易，冬天東北季風強勁又挾帶鹽霧，但境內植物相依舊多樣，初步統計目前澎湖至少有四百種植物。
澎湖的植物族群大多數屬於外來種，雖然澎湖原生植物族群或許已經無法找出更多，但目前仍然有以澎湖命名且具有代表性的澎湖決明、澎湖爵床、澎湖大豆、澎湖金午時花(圖四)等澎湖原生種植物。
澎湖大豆
澎湖決明
澎湖金午時花
由於澎湖群島屬於亞熱帶海島型氣候，又無高山阻擋，挾帶鹽霧的強風，讓生長在高鹽分地帶的植物，葉子必須自然增生變厚或退化成肉質與革質狀，部分則被覆厚層毛狀物，才能讓水分散失減緩，並強化耐鹽和耐旱的生理機制。澎湖的各種植物相為適應自然環境，大都具備葉厚、低矮匍匐、蔓藤、根系發達和抓地定沙等形態的優勢條件，例如，濱水菜、臺灣濱藜、馬齒莧等植物。
此外，澎湖的海邊沙地環境高溫、乾旱，沙粒易隨風移動，植物易被掩埋或根群暴露。常見的植物族群如馬鞍藤、濱刀豆、蔓荊等。這一類植物屬於多年生宿根性植物，莖節具備不定根、以多點方式固定植物體，同時增加吸水功能。
澎湖最常見諸媒體的植物包括十六世紀引進澎湖的團扇仙人掌、龍舌蘭，日據時代引進澎湖作為綠化造林的銀合歡、還有已經被選定為澎湖縣花的天人菊，這些植物已經適應並在澎湖馴化。其他還有蘆薈、猩猩草、大花咸豐草、布袋蓮等，其中仙人掌、銀合歡、大花咸豐草、天人菊、龍舌蘭等已成為澎湖優勢植物族群。苦檻藍、水燭、白花馬鞍藤等則屬稀有少見
榕樹為澎湖縣樹，不僅是澎湖常見的行道樹，同時也是耐旱耐鹽最具代表性的植物，尤其以通梁古榕最為壯觀。另外木麻黃、無葉檉柳、南洋杉則是目前最常見的造林與行道樹種。
龍舌蘭
天人菊
團扇仙人掌
澎湖植物群的應用，除部分野生不適合運用的種類外，園藝、生活應用甚至食用的植物所在多有，例如天人菊早期曬乾用來燻蚊蟲；銀合歡除綠化外，還作為薪材燃料；風茹草、蘆薈、台灣濱藜等可作為食用和藥用。經濟農作植物花生、地瓜、高粱、玉米和澎湖絲瓜(稜角)等都是澎湖的知名招牌菜。此外，嘉寶瓜、楊梅、洋香瓜、紅龍(菱)瓜等則是澎湖代表性瓜果植物。
嘉寶瓜
楊梅
風茹草茶
