西嶼東臺又叫做東臺古堡，起初在清光緒年間，曾於西嶼建造新式海岸防禦砲臺，但是還未安裝新式的大砲，在清法戰爭期間，砲台遭到法軍攻擊時，無法還擊，導致法軍攻佔了西嶼和媽宮。後來清法合議後，法軍撤離澎湖，劉銘傳則多次奏請加強澎湖的海防，在1887年開始興建防守澎湖的四座砲臺，西嶼東臺就是其中的一座。

甲午戰爭隔年三月，日軍進攻澎湖，西嶼砲臺曾發揮部分戰力，造成日軍不少傷亡。日治時期，日軍繼續使用西嶼東砲臺，並且增添了部分施設。二次大戰後，已經不再具有戰力的西嶼東臺由國軍接管，增建了幾間營舍。直到1985年，西嶼西臺被內政部指定為國定古蹟後，國軍撤離，但是西嶼東臺則到1991年指定為國定古蹟的時候，仍然有部隊駐守，直到了2012年才移交給澎湖縣政府。

西嶼東臺的配置略呈方形，外堡門額上有劉銘傳題的「西嶼東臺」四個大字。內外堡之間設有壕溝做為緩衝，砲臺主體為磚石混合，牆體外側以當時最新的洋灰做為粉刷層。砲臺內除了砲位之外，還設有圓拱形穹窿構造的官廳、大兵房、藏兵洞、小藥庫及彈藥總庫等不同的空間，規模雖然比西嶼西臺小，但是仍為重要的海防之地。