澎湖海域のウミガメには、アオウミガメ・アカウミガメ・玳瑁(タイマイ)などがあ り、たまに革亀(オサガメ)・欖蠵亀(ヒメウミガメ)などをみかけます。澎湖では望安がもっとも安定したアオウミガメの産卵地となっており、現在望安の 六ヶ所が保護指定地になっています。澎湖国家風景区管理処では望安島上に「アオウミガメ観光保育センター」を設置し、海洋生態資源に関するインフォメー ションサービスをおこなっています。

水産試験所澎湖分所の統計では、いままでに138科723種の魚類が発見されています。魚類の分布習性および資源の特性から岩礁魚類・底層遊泳性魚類・回遊性魚類に分けられ、そのうち玳瑁石斑(モヨウハタ)が県魚に指定されています。

澎湖はとくに珊瑚礁が広大で、その生態系が豊かなのが特徴です。澎湖海域の珊瑚に は、石珊瑚類として軸孔珊瑚・盤珊瑚・角星珊瑚および鹿角珊瑚、柳珊瑚類として海扇・海樹、そのほか軟珊瑚類があります。また海草類も豊かで、緑藻・褐 藻・紅藻など藻類だけで約四十余種、そして経済価値のある紫菜(イワノリ)・海菜(ノリ)・石花菜(テングサ)・髮菜(ウシノケノリ)が採集されていま す。

潮間帯岩礁上によく見られるのは蜑螺(アマガイ)・笠螺(ツタノハガイ)・鐘螺(タイワンエビス)・蠑螺(サザエ)・玉黍螺(タマキビ)・宝螺(タ カラガイ)・石鱉(ヒザラガイ)・黒歯牡蠣(オハグロガキ)などの貝類、カニ・ロブスター・ヤドカリなどの節足動物、そしてナマコ・ヒトデなどの棘皮 (きょくひ)動物です。また澎湖には古来使われてきた「石滬」と呼ばれる漁業のワナが多数残っており、今では観光スポットになっています。

澎湖の多様な潮間帯の生態は、澎湖住民の生活を支えてきましたが、これからは子どもたちの海洋体験の舞台となりそうです。