澎湖觀音亭奉祀的是南海觀世音菩薩，是澎湖極具代表性的古廟，然而觀音亭不僅僅是信仰的中心，更曾是做為重要的戰略位置。在這一帶可以扼守大山嶼，也能遠眺漁翁島和白沙鄉，早在1622年荷蘭統治之前便有駐軍紀錄，後來的明鄭、清領時期也沿用這樣的軍事配置。

具今有三百多年歷史的觀音亭歷經了多次的修建，最初興建於1696年，古鐘亭的古鐘也是此時建置，不過在1885年清法戰爭時一度被損毀，廟內文物和兩尊觀音像、十八羅漢像等全被掠奪。後來1891年澎湖水師鎮總兵吳宏洛捐銀兩重建。1923年，日治時期澎湖新廳舍落成時，原先在澎湖廳總鎮署衙前糯米材質的獅子也移到這裡，1959年重修的時候，則增建了左邊的望潮亭，可以欣賞台灣海峽的潮起潮落及台灣八景之一的西嶼落霞。

現在的觀音亭休憩園區，更新建了親水游憩區、國際風帆比賽中心、兒童遊樂場等運動休閒設施，成為居民、遊客熱門的戲水地點和休閒場所。