山水濕地公園位於山水沙灘堤防後方，是澎湖珍貴的濕地。全園占地約1.7公頃，在2012年時透過降低海堤、連接內外濕地的環境改造工程，讓整個區域形成了集水生、濕生、旱生植物為一體的濕地生態，像是在山水濕地上就有不少的定沙植物，如外表看起來跟海膽很像的濱刺麥等。因為改善工程的成功，2012年曾經以教育園的名義，榮獲國家卓越建設獎最高榮耀——最佳環境文化類卓越獎。
如今，生態豐富，環境良好，除了各種植物外，山水濕地也是不少鳥類的棲息地，其中有大、小白鷺和蒼鷺，還有鷸科的候鳥最為常見。公園內還規劃步道、觀景台等設施，可以沿著步道散步、賞鳥、觀海、看夕陽，十分輕鬆愜意。