Mặc dù diện tích của Penghu chỉ khoảng 127 km2, nhưng có vô số những hòn đảo, được bao bọc bởi biển cả, vì vậy tài nguyên động vật biển vô cùng phong phú. Ngoài các sản vật có giá trị kinh tế như các loài cá biển và nghêu sò ốc hến, ngoài ra cũng có rất nhiều các loài được xếp vào tài nguyên sinh thái động vật cần được bảo tồn, ví dụ như cá heo, rùa biển xanh và nhạn biển, v.v…, đều khiến cho tài nguyên động vật của Penghu trở nên quý giá hơn.

Penghu là nơi bắc buộc phải đi qua trên tuyến đường di chuyển của các loài chim di cư khu vực Đông Á, vì vậy cứ đến mùa di cư hàng năm, rất nhiều những đàn chim di cư sẽ bay tới các hòn đảo nhỏ thuộc quần đảo Penghu để trú ngụ, sinh sản hoặc tạm dừng chân; vào dịp mùa xuân hằng năm trong khoảng từ tháng 1 đến tháng 4 sẽ đạt mức cao điểm trong cả năm về các loài chim và số lượng chim di cư; trong dịp tháng 6, tháng 7 có số loài chim ít nhất; vào vụ thu đông từ tháng 9 đến tháng 12 là mùa chim di cư bay về phía Nam để chuẩn bị tránh rét, vì vậy sẽ xuất hiện rất nhiều loài chim quá cảnh hoặc di cư tránh rét có số lượng rất đông như bách thanh nâu, hoét đá, cò ngàng lớn, mòng két và choắt nhỏ. Ngoài ra, hai loại chim bản địa Penghu là chim sẻ và chim sơn ca, là những loài chim phổ biến nhất và có số lượng đông nhất tại Penghu, hơi khác với giống chim trên đảo lớn Đài Loan, vì chúng thuộc các loài phụ khác nhau. Trong đó, chim sơn ca Penghu thường được gọi là “Bán thiên điểu” còn được biết đến là loài chim biểu tượng cho Penghu.