Kepulauan Penghu semenjak zaman dulu adalah kunci utama perkapalan wilayah Asia Timur, pembatas penting antara Taiwan dan lautan, terlebih lagi merupakan stasiun relai dari perjalanan panjang orang Han dan migrasi budaya humaniora.

Panjang jarak selatan utara Kepulauan Penghu sekitar 60 km lebih, lebar jarak timur barat sekitar 40 km, tersebar di antara lintang utara 23°9' hingga 47' dan bujur timur 119°18' hingga 42'. Berdasarkan Laporan Perencanaan Inventaris Jumlah pulau Kepulauan Penghu yang dibuat Universitas Nasional Sains dan Teknologi Kaohsiung atas permintaan pemerintah Penghu pada Desember 2005 menunjukkan bahwa kepulauan terbentuk dari 90 pulau-pulau kecil dengan luas yang berbeda-beda. Kutub geografis terbagi menjadi titik paling timur Pulau Chamou; titik paling barat Pulau Hua; titik paling selatan Pulau Qimei; titik paling utara Pulau Daqiao.

Ratusan pulau Kepulauan Penghu tersebar di perairan laut yang dilewati cabang arus Kuroshio, sumber daya laut sangat kaya, di seluruh kawasan hanya ada 19 pulau yang berpenghuni. Total luas kepulauan sekitar 128 km2. Urutan pulau dari luas terbesar yaitu pulau utama Magong, Xiyu, Baisha, Qimei, Wang’an, dan pulau lainnya. Garis pantai berliku-liku mencapai 320 km.