Ekologi flora
Meskipun rata-rata curah hujan satu tahun wilayah Penghu sekitar 1.000 mm,lapisan tanah atas dangkal, sulit untuk menampung air, serta angin musim timur laut kuat saat musim dingin membawa kabut garam, tetapi flora dalan kawasan tetap beranekaragam. Statistik awal menunjukkan bahwa saat ini Penghu setidaknya ada empat ratus jenis flora.
Kelompok flora Penghu kebanyakan termasuk spesies dari luar. Meskipun kelompok flora asli Penghu mungkin sudah tidak dapat dicari lebih banyak lagi, tetapi saat ini tetap ada flora asli Penghu yang bersifat representatif dan dinamakan dengan nama Penghu, seperti senna Penghu (Cassia sophera var. penhuana Y. C. Lu & F. Y. Lu), water willow Penghu (Justicia ciliata (Yamamoto) Hsieh & Huang), glisin Penghu (Glycine clandestina), sidaguri Penghu (Sida veronicifolia) , dan lain-lain.
Beringin adalah pohon Kabupaten Penghu. Tidak hanya merupakan pohon yang sering dijumpai di jalanan Penghu, pada saat yang sama juga merupakan tumbuhan paling representatif yang memiliki toleransi terhadap kekeringan dan garam, terutama yang paling spektakuler adalah Beringin Besar Tongliang. Selain itu, cemara laut, Tamarix aphylla, pinus Araucaria cunninghamii merupakan spesies pohon untuk hutan buatan dan jalanan yang paling sering dijumpai saat ini.
Ekologi fauna
Meskipun luas Penghu hanya sekitar 127 km2, tetapi karena pulau-pulau yang tersebar, keempat sisinya dikelilingi laut, sumber daya fauna laut kaya berlimpah. Selain hewan laut bersifat ekonomis seperti ikan dan kerang, pada saat yang sama tidak sedikit sumber daya fauna yang terdaftar sebagai hewan yamg dilindungi, seperti lumba-lumba, penyu hijau, dara laut dan burung sejenis lainnya, dan lain sebagainya. Semuanya membuat sumber daya fauna Penghu berharga.
Penghu merupakan tempat yang wajib dilalui saat burung migran kawasan Asia Timur bermigrasi. Jadi setiap tahun saat musim migrasi, berbagai jenis burung migran akan terbang ke habitat masing-masing pulau Penghu dalam jumlah besar untuk berkembang biak atau singgah sementara. Spesies dan jumlah burung migran paling banyak sepanjang tahun saat musim semi pada bulan Januari hingga April setiap tahun, antara Juni dan Juli jenis burung migran paling sedikit. Musim gugur dan musim dingin pada bulan September hingga Desember merupakan musim migrasi burung ke selatan untuk persiapan musim dingin. Oleh karena itu, muncul banyak spesies dan jumlah burung yang lewat atau burung migran musim dingin seperti bentet coklat (Lanius cristatus), murai-batu arung (Monticola solitarius), kuntul besar (Egretta alba), bebek air Anas crecca, trinil pantai (Actitis hypoleucos), dan lain-lain. Selain itu, dua spesies burung residen burung pipit Penghu dan skylark kecil merupakan jenis burung paling umum dijumpai di Penghu serta berjumlah terbanyak. Spesiesnya sedikit berbeda dengan spesies di Taiwan dan tergolong dalam subspesies yang berbeda. Di antaranya, skylark kecil Penghu yang umum dikenal sebagai “burung tengah langit” direkomendasikan menjadi burung Kabupaten Penghu.
Tanggal didirikan: 24 Mei 1991
Luas: cakupan kawasan konservasi termasuk bagian daratan Pulau Mao Besar dan Pulau Mao Kecil, serta bagian perluasan ke luar perairan lautnya sepanjang 100 m. Total luas sekitar 36,2 hektar
Lokasi geografis: Kotapraja Wang’an Kabupaten Penghu
Subjek konservasi utama: konservasi burung laut dan lingkungan habitatnya
Tanggal didirikan: 17 Januari 1995
Luas: 23,3 hektar
Lokasi geografis: Pulau Wang’an Desa Wang’an Kabupaten Penghu
Subjek konservasi utama: penyu hijau, telur, dan habitat bertelur
Ekologi laut
Penyu di perairan laut Penghu ada penyu hijau, penyu tempayan, dan penyu sisik. Selain itu, juga ada penyu belimbing, penyu lekang, dan sebagainya yang langka. Oleh karena Wang’an Penghu adalah kawasan di wilayah Taiwan yang paling stabil saat ini bagi penyu hijau mendarat untuk bertelur, maka di Wang’an diumumkan ada enam kawasan konservasi habitat bertelur penyu hijau untuk melindungi habitat tersebut. Kantor Manajemen Kawasan Wisata Nasional Penghu membangun “Pusat konservasi pariwisata penyu hijau” di Pulau Wang’an, yang menyediakan layanan konsultasi sumber daya ekologi laut.
Sedangkan untuk sumber daya spesies ikan, berdasarkan perhitungan statistik Institusi Penelitian Perikanan Cabang Penghu, spesies ikan Penghu yang terdaftar telah mencapai 138 Famili 723 Spesies. Berdasarkan distribusi, kebiasaan spesies ikan, dan karakteristik sumber daya, dapat dibagi menjadi spesies ikan karang, spesies ikan bentos, spesies ikan migran, dan lain-lain. Di antaranya kerapu sirip panjang telah dipilih menjadi ikan Kabupaten Penghu.
Karena lingkungan pertumbuhan dalam dataran dangkal koral yang baik, cakupan dasar laut kelompok koral sangatlah luas, dan merupakan jenjang bawah rantai makanan laut, maka ekosistem dataran dangkal koral sangat kaya. Terdapat berbagai jenis koral di wilayah perairan laut Penghu, termasuk jenis karang batu Scleractinia seperti Acropora, Palaeocyclus, Goniastrea, dan Acroporidae, jenis Gorgonacea seperti kipas laut dan pohon laut, serta jenis karang lunak Alcyonacea, masing-masing memiliki bentuk yang berbeda-beda, sangat mengesankan.