Meskipun luas Penghu hanya sekitar 127 km2, tetapi karena pulau-pulau yang tersebar, keempat sisinya dikelilingi laut, sumber daya fauna laut kaya berlimpah. Selain hewan laut bersifat ekonomis seperti ikan dan kerang, pada saat yang sama tidak sedikit sumber daya fauna yang terdaftar sebagai hewan yamg dilindungi, seperti lumba-lumba, penyu hijau, dara laut dan burung sejenis lainnya, dan lain sebagainya. Semuanya membuat sumber daya fauna Penghu berharga.

Penghu merupakan tempat yang wajib dilalui saat burung migran kawasan Asia Timur bermigrasi. Jadi setiap tahun saat musim migrasi, berbagai jenis burung migran akan terbang ke habitat masing-masing pulau Penghu dalam jumlah besar untuk berkembang biak atau singgah sementara. Spesies dan jumlah burung migran paling banyak sepanjang tahun saat musim semi pada bulan Januari hingga April setiap tahun, antara Juni dan Juli jenis burung migran paling sedikit. Musim gugur dan musim dingin pada bulan September hingga Desember merupakan musim migrasi burung ke selatan untuk persiapan musim dingin. Oleh karena itu, muncul banyak spesies dan jumlah burung yang lewat atau burung migran musim dingin seperti bentet coklat (Lanius cristatus), murai-batu arung (Monticola solitarius), kuntul besar (Egretta alba), bebek air Anas crecca, trinil pantai (Actitis hypoleucos), dan lain-lain. Selain itu, dua spesies burung residen burung pipit Penghu dan skylark kecil merupakan jenis burung paling umum dijumpai di Penghu serta berjumlah terbanyak. Spesiesnya sedikit berbeda dengan spesies di Taiwan dan tergolong dalam subspesies yang berbeda. Di antaranya, skylark kecil Penghu yang umum dikenal sebagai “burung tengah langit” direkomendasikan menjadi burung Kabupaten Penghu.