ระบบนิเวศพืช
ถึงแม้ในพื้นที่เผิงหูมีปริมาณฝนเฉลี่ยเพียง 1,000 มม. ต่อปี และมีพื้นผิวดินที่บาง ซึ่งยากสำหรับเก็บความชุ่มชื้นไว้ อีกทั้งในฤดูหนาวยังมีลมฤดูที่พัดแรงมาพร้อมกับหมอกน้ำเกลือ แต่ในพื้นที่ยังคงมีพืชชนิดหลากหลาย โดยตามสถิติเบื้องต้นแล้ว ที่เผิงหูมีพืชอยู่อย่างน้อย 400 ชนิด
กลุ่มพืชที่เผิงหูส่วนใหญ่เป็นพันธุ์ต่างถิ่น ถึงแม้อาจไม่สามารถค้นพบกลุ่มพืชเฉพาะถิ่นของเผิงหูได้มากขึ้นแล้ว แต่ปัจจุบัน ก็มีพืชเฉพาะถิ่นต่าง ๆ ที่ตั้งชื่อด้วยเผิงหูและเป็นตัวแทนสำคัญอยู่หลายชนิด เช่น ชุมเห็ดเผิงหู เหงือกปลาหมอเผิงหู ถั่วเหลืองเผิงหู หญ้าขัดเผิงหู เป็นต้น
ต้นไทรเป็นต้นไม้ประจำเทศมณฑลของเผิงหู ไม่เพียงเป็นต้นไม้ริมทางที่พบบ่อยที่สุดในเผิงหู แต่ยังเป็นตัวแทนของกลุ่มต้นไม้ที่ทนต่อความแห้งแล้งและความเค็ม โดยเฉพาะต้นไทรโบราณที่ทงเหลียงยิ่งเป็นทิวทัศน์ที่ยิ่งใหญ่น่าทึ่ง นอกจากนี้ ยังมีสนทะเล สนทามาริสก์ และสนอาณานิคมที่เป็นต้นไม้ชนิดเห็นบ่อยที่สุดในการปลูกป่าและไม้ริมทาง
ระบบนิเวศสัตว์
กล้อมรอบด้วยทะเล จึงมีทรัพยากรสัตว์ทะเลที่อุดมสมบูรณ์ นอกจากปลา หอย อาหารทะเลเปลือกแข็งที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจแล้ว ยังมีทรัพยากรเชิงนิเวศไม่น้อยที่เป็นสัตว์สงวนต่าง ๆ เช่น โลมา เต่าตนุ หรือนกต่าง ๆ ในวงศ์นกนางนวล ยิ่งแสดงให้เห็นถึงความล้ำค่าของทรัพยากรสัตว์พื้นถิ่นของเผิงหู
เผิงหูเป็นจุดที่นกอพยพในเอเชียตะวันออกต้องผ่านในการย้ายถิ่น เพราะฉะนั้น เมื่อถึงฤดูอพยพของนกเหล่านี้ในแต่ละปี นกอพยพสารพัดชนิด ก็จะบินไปยังเกาะต่าง ๆ ที่เผิงหูเป็นฝูงใหญ่ อาจเป็นการอยู่อาศัยเพื่อสืบพันธุ์ หรือการหยุดพักชั่วคราว โดยระหว่างเดือนมกราคมจนถึงเมษายนในฤดูใบไม้ผลิจะเป็นช่วงพีคที่มีชนิดและจำนวนนกมากที่สุด และจะลดลงเหลือน้อยที่สุดในช่วงมิถุนายนถึงกรกฎาคม จากนั้น ในช่วงกันยายนถึงธันวาคมที่ข้ามผ่านฤดูใบไม้ร่วงและฤดูหนาว จะเป็นช่วงที่นกอพยพต้องย้ายถิ่นไปทางใต้เพื่อหลบหนาว เพราะฉะนั้น จะมีนกอพยพที่ปรากฏมาหยุดพักหรือค้างหนีหนาวโดยมีชนิดและจำนวนไม่น้อยเลยทีเดียว เช่น นกอีเสือสีน้ำตาล นกกระเบื้องผา นกยางโทนใหญ่ เป็ดปีกเขียว นกเด้าดิน เป็นต้น
นอกจากนี้ ยังมีนกกระจอกและนกจาบฝนเสียงสวรรค์ที่อาศัยอยู่ประจำที่เผิงหู โดยเป็นประเภทนกที่เห็นบ่อยที่สุดและมีจำนวนมากที่สุดในที่เผิงหู ซึ่งจะต่างจากพันธุ์ที่อยู่ในไต้หวันเล็กน้อย โดยเป็นจำพวกย่อยที่ไม่เหมือนกัน และนกจาบฝนเสียงสวรรค์เผิงหู ที่มักจะเรียกกันว่า “นกครึ่งวัน” ยังได้รับการเสนอให้เป็นนกประจำเทศมณฑลเผิงหูอีกด้วย
ระบบนิเวศทางทะเล
เต่าทะเลที่พบได้ในเขตทะเลของเผิงหู ได้แก่เต่าตนุ เต่าหัวค้อน เต่ากระ โดยยังมีเต่ามะเฟือง และเต่าหญ้าที่เห็นยากด้วย เนื่องจากที่วั่งอันในเผิงหูเป็นพื้นที่ในประเทศไต้หวันที่มีเต่าตนุขึ้นฝั่งวางไข่อย่างสม่ำเสมอที่สุด จึงได้ประกาศตั้งเขตคุ้มครองถิ่นที่อยู่สำหรับเต่าตนุในการวางไข่ที่วั่งอัน รวมทั้งหมด 6 แห่ง เพื่ออนุรักษ์ถิ่นที่อยู่สำหรับเต่าตนุในการวางไข่ ซึ่งสำนักบริหารพื้นที่ชมวิวเผิงหูแห่งชาติ ยังได้ก่อตั้ง “ศูนย์อนุรักษ์เต่าตนุเชิงท่องเที่ยว” เพื่อให้บริการข้อมูลเกี่ยวกับทรัพยากรเชิงนิเวศทางทะเล
ส่วนทรัพยากรปลานั้น ตามสถิติจากศูนย์ทดลองผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำสาขาเผิงหู ชนิดปลาที่ได้รับการบันทึกไว้แล้วมีมากถึง 138 สกุล และ 723 ชนิด โดยสามารถจำแนกเป็นปลาในแนวปะการัง ปลาอาศัยตามท้องทะเล ปลาอพยพและอีกหลายอย่างตามนิสัยหรือลักษณะทรัพยากร และยังมีปลาเก๋าตุ๊กแกที่ได้รับการเลือกเป็นปลาประจำเทศมณฑลเผิงหู
ส่วนกลุ่มปะการังที่อยู่บริเวณน้ำตื้น เนื่องจากมีสภาพแวดล้อมที่ดีต่อการจำเริญเติบโต จึงได้ปกคลุมพื้นทะเลอย่างกว้างขวาง จนก่อห่วงโซ่อาหารสิ่งมีชีวิตที่อาศัยตามท้องทะเลอย่างบริบูรณ์ จึงกลายเป็นระบบนิเวศปะการังน้ำตื้นที่อุดมสมบูรณ์ ซึ่งปะการังที่อยู่ในบริเวณทะเลของเผิงหู รวมถึงปะการังร่ม ปะการังถ้วย ปะการังรังผึ้ง ปะการังเขากวางในตระกูลปะการังหิน และพัดทะเลหรือต้นทะเลในตระกูลกัลปังหา และปะการังอ่อนต่าง ๆ อย่างหลากหลาย โดยมีรูปทรงที่แตกต่างกัน ซึ่งน่าสนน่าชมยิ่งนัก