澎湖は、明朝時代に陶磁器を南洋に輸出する中継ステーションの役割を果たしていましたが、オランダ人がジャカルタで東インド会社を経営するようになってからは、澎湖を素通りして、台湾にアジア貿易の基地を設けたことで、澎湖の地位は大きく下がりました。

日本統治時代の初期には、台湾の港における取引の状況をコントロールするため、基隆と淡水、安平、高雄の四つの主要港だけを開放しました。しかし、台湾住民の生活必需品の供給に深刻な影響を来すようになり、後に八か所の「特別輸出入港」を開放することになりました。澎湖の「媽宮港」もその中の一つです。1906年、安平税関媽宮支署のオフィスが媽宮迎薫門外側の築地町に落成し、その建築はレンガ造りで二階建ての「望塔」と呼ばれるもので、当時の澎湖地区で初めての政府機関の洋風建築でした。1934年に、高雄税関に再編されたことで、名称も「高雄関税馬公支所」に改められましたが、媽宮の人々は、「税関」（閩南語）と呼んでいます。

市街地にあるもう一つの歴史的建築物として、澎湖医院を挙げることができます。現在の澎湖医院旧門庁は、日本統治時代に海壇館を徴用して二階建ての木造建築に改築したもので、初めての西洋式の病院となりました。1940年に洞窟式の地下防空洞が増築されましたが、中には伝声器、通気口、病床、掲示板が設けられるなど、軍事防御用と医療所としての機能も備えていました。澎湖医院はいまも残る数少ない完璧な医療建築で、日本統治時代から今に至る台湾の医療史を見つめてきました。澎湖の人々に「大病院」と呼ばれた全澎湖住民の生活の記憶を留める場所でもあります。