Lapisan strata Kepulauan Penghu berdasarkan lamanya usia sesuai urutan terbagi menjadi: Kepulauan Hua paling tua, selanjutnya lapisan Tongliang, lapisan Baisha, Kepulauan Yuweng, lapisan Laterit Dongwei, lapisan Xiaomenyu, lapisan Huxi, yang terbaru adalah lapisan Tumpukan Pantai dan lapisan Alluvium.

Dari data penanggalan radiometrik, Kepulauan Penghu pada 8.000.000 hingga 17.000.000 tahun yang lalu telah membentuk rupa dan bentuk lahan awal. Setelah mengalami erosi dan pelapukan oleh air laut dalam jangka waktu yang panjang, membentuk topografi dan lanskap kepulauan Penghu yang unik saat ini dengan pulau hampir seratus pulau.

Karena efek pergerakan lempeng sehingga menyebabkan terjadinya retakan pada kerak. Magma bertekanan tinggi dan bersuhu tinggi meluap dan menyembur dari dalam retakan. Magma panas yang mengalir di atas air laut melalui efek kondensasi oleh udara perlahan-lahan mendingin dan memadat, dan setelah lahan situs tenggelam dan mengapung berkali-kali, membentuk bentuk lahan Kepulauan Penghu yang unik.

Oleh karena kekuatan aliran lahar dalam proses pendinginan, tingkat homogenitas, dan pengaruh faktor subjektif objektif lainnya, batu basalt yang memadat secara alami menghasilkan kekar berbentuk pilar dan kekar berbentuk piringan, serta keajaiban alam lainnya. Di antaranya, kumpulan pilar batu basalt tinggi Wei’e Pulau Tongpan yang paling representatif dalam sistem rekreasi laut selatan. Lanskap batu basalt pulau dari tiga pulau di lautan timur laut, yaitu Pulau Jishan, Pulau Dinggou, dan Pulau Xiaobaisha, telah terdaftar menjadi cagar alam basalt.