每當候鳥遷徙季節時，澎湖群島成為賞鳥者夏季觀賞燕鷗的天堂。夏季以燕鷗家族為最大，常見的種類有紅燕鷗、蒼燕鷗、小燕鷗、白眉燕鷗、玄燕鷗與鳳頭燕鷗6種。澎湖縣政府於民國81年公告縣內無人島小白沙嶼、雞善嶼及錠鉤嶼為禁止登岸的玄武岩自然保留區，貓嶼為全台第一處海鳥保護區。

澎湖地區為普遍夏候鳥，每年一到清明節後，他們就由渡冬地依路往北遷移，來到澎湖群島，繁殖於南、北海的無人島上。繁殖期為6月終至8月中，紅燕鷗主要活動於海岸、島嶼、岩礁，以小魚為食。集體繁殖有草的地面上，或有遮蔭的露岩旁。每巢產卵1-2個，卵呈淡褐色，散佈暗褐色粗班。

臉、體下與尾部皆為白色，背、翼為淡灰白色，有白色翼帶，初級飛羽的第一羽為灰色，是典型的海鳥，極少到內陸活動。以海中小魚或無脊椎動物為主食，棲息於熱帶及亞熱帶區域之海島岩石峭壁或海岸之礁岩上。羽色潔白，生性羞怯，築巢地若受人為干擾，則放棄之。5月中旬，與其他種類燕鷗，到無人島上準備繁殖，雄鳥會以食物向雌鳥示好，證明自己是位捕魚高手、好父親，以求得雌鳥的青睞。配對後到生蛋期間，雄鳥必須看緊雌鳥，以免雌鳥有機會移情別戀。蒼燕鷗並不築巢，而是直接將蛋產在平緩或有凹陷的岩石或礁岩上，一窩可產2~3枚蛋。蛋具有保護色，通常生出第一個蛋以後，即開始孵蛋，孵蛋期間，親鳥會以小石頭堆在蛋的周圍，使其成為一個凹槽，以防蛋滾到巢外。

幼鳥：體色大致似成鳥，但羽色較淡，背部羽毛後緣有淡色邊緣。白眉燕鷗為遠洋中的典型海鳥；因腳上有蹼，能在海面上浮游；以滑行水面或俯衝入海方式啄食海中之小魚、軟體動物等，有成群逐魚、捕魚之習性。繁殖期為5～6月，大多以枯草為材料，喜成群築巢於陡峭崖壁及其草地、岩縫岩堆下的遮蔭處或陡峭岩石平台上，通常每窩產2-3枚蛋。

每年3月起，族群數量即陸續增加，至5-6月繁殖高峰期，族群常有三、四千隻以上，場面頗為壯觀。棲息於海崖岩壁上，會以少許枯草築巢，或直接產卵於陡峭岩壁的淺窪中，每巢一卵，卵呈乳白色，有棕色及灰色斑點，孵卵期約五至六週，育雛約6-7週。

常以區域巡弋方式，低空飛翔於海面搜尋獵物，發現目標後即直接俯衝入水捕食，其中衝入海水的深度多不深，也有掠奪其他同類食物的習性。

6月上旬開始繁殖，有規則地將蛋下在比較空曠的地面，通常一巢一個蛋，喜好熱鬧及成群繁殖，但卻常為了保護自己的蛋及幼雛，而以嘴當武器，與鄰居打鬧不休。

在澎湖本島並不常見，通常在頭巾嶼、南鐵砧嶼以及北海的毛司嶼比較容易看到，在馬祖列島亦有其繁殖紀錄，此區也可能是鳳頭燕鷗繁殖分布的最北限。